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Sébastien COSSIN - Admis au titre de docteur


Adresse Professionnelle
Unité IAM. Batiment du Tondu. Place Amélie Raba Léon. Hopital Pellegrin 33000
BORDEAUX FRANCE
cossin.sebastien@gmail.com
sebastien.cossin@u-bordeaux.fr
Identifiant ORCID 0000-0002-3845-8127
Identifiant Hal https://hal.archives-ouvertes.fr/search/index/?q=%2A&authIdHal_s=Sebastien Cossin
Compte Researchgate https://www.researchgate.net/profile/Cossin_Sebastien
En recherche d'emploi
Disponibilité : novembre 2021
Mobilité : Tous les pays

Projet professionnel :
  • enseignant-chercheur, enseignant du supérieur
  • chercheur en milieu académique

Techniques maîtrisées :
Programmation : - Langage : R, Java, Javascript, Python - Web : NodeJs, RShiny - Base de données : SQL and NoSQL - OS : Debian / Ubuntu - Gestion de version : Git
Compétences :
Sens de la communication Capacité d'adaptation Force de persuasion Gestion du stress Travail en équipe Capacité à fédérer Capacités de synthèse Sens de l'organisation

Expérience professionnelle :
CDD du 1 novembre 2018 au 2 novembre 2020
Domaine d'activité : santé
Type de contrat : Administrations (ministères, collectivités territoriales, agences, secteur hospitalier…)
Fonction exercée : Assistant Hospitalier Universitaire
Secteur d'emploi : Santé et action sociale
Unité de recherche ou entreprise : Université de Bordeaux
Bordeaux - FRANCE

Doctorat Santé publique Option Informatique et Santé


Thèse soutenue le 28 septembre 2022 - Université de Bordeaux

Ecole doctorale : Sociétés, Politique, Santé Publique

Sujet : Contributions à l'extraction d'information dans un entrepôt de données hospitalier : une aide pour la recherche clinique

Mots-clés de la thèse : Dossier patient informatisé,Traitement automatique de la langue,Extraction d'information,Datavisualisation,Machine learning,Recherche d'information,

Direction de thèse : Vianney JOUHET

Co-direction de thèse : Gayo DIALLO

Unité de recherche : Bordeaux Population Health Research Center U 1219 - Bordeaux
Intitulé de l'équipe : ERIAS - Equipe de Recherche en Informatique Appliquée à la Santé

Master - MASTER de Sciences, technologies, santé, Mention Santé publique

obtenu en janvier 2016 - Université de Bordeaux
Option : Informatique médicale

Production scientifique

- Thomas Ferté, Sébastien Cossin, Thierry Schaeverbeke, Thomas Barnetche, Vianney Jouhet, Boris Hejblum 2021. Automatic phenotyping of electronical health record: PheVis algorithm   Journal of Biomedical Informatics, , https://hal.inria.fr/hal-03100435/document
- Sebastien Cossin,Serigne Diouf,Romain Griffier,Philippine Le Barrois d’Orgeval,Gayo Diallo, and Vianney Jouhet 2021. Linkage of Hospital Records and Death Certificates by aSearch Engine and Machine Learning   JAMIA Open, 4(1), https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7935495/
- Gabriel A Brat, Griffin M Weber, Nils Gehlenborg, Paul Avillach, Nathan P Palmer, Luca Chiovato, James Cimino, Lemuel R Waitman, Gilbert S Omenn, Alberto Malovini, Jason H Moore, Brett K Beaulieu-Jones, Valentina Tibollo, Shawn N Murphy, Sehi L'Yi, Mark S Keller, Riccardo Bellazzi, David A Hanauer, Arnaud Serret-Larmande, Alba Gutierrez-Sacristan, John H Holmes, Douglas S Bell, Kenneth D Mandl, Robert W Follett, Jeffrey G Klann, Douglas A Murad, Luigia Scudeller, Mauro Bucalo, Katie Kirchoff, Jean Craig, Jihad Obeid, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Sebastien Cossin, Bertrand Moal, Lav P Patel, Antonio Bellasi, Hans U Prokosch, Detlef Kraska, Piotr Sliz, Amelia LM Tan, Kee Yuan Ngiam, Alberto Zambelli, Danielle L Mowery, Emily Schiver, Batsal Devkota, Robert L Bradford, Mohamad Daniar, APHP/Universities/INSERM COVID-19 research collaboration, Christel Daniel, Vincent Benoit, Romain Bey, Nicolas Paris, Anne Sophie Jannot, Patricia Serre, Nina Orlova, Julien Dubiel, Martin Hilka, Anne Sophie Jannot, Stephane Breant, Judith Leblanc, Nicolas Griffon, Anita Burgun, Melodie Bernaux, Arnaud Sandrin, Elisa Salamanca, Thomas Ganslandt, Tobias Gradinger, Julien Champ, Martin Boeker, Patricia Martel, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Damien Leprovost, Thomas Moreau, Gael Varoquaux, Jill-Jenn Vie, Demian Wassermann, Arthur Mensch, Charlotte Caucheteux, Christian Haverkamp, Guillaume Lemaitre, Ian D Krantz, Sylvie Cormont, Andrew South, Tianxi Cai, Isaac S Kohane 2020. Brat GA, Weber GM, Gehlenborg N, Avillach P, Palmer NP, Chiovato L, et al. International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium.   npj Digital Medicine, 3(1):1‑9, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7438496/
- Sébastien Cossin, L. Billiet, F. Lalanne, L. Lebrun, Gayo Diallo, Frantz Thiessard 2020. Détection automatique du mésusage médicamenteux sur les réseaux sociaux   Epidemiology and Public Health / Revue d'Epidémiologie et de Santé Publique, 68, pp.S53-S54,
- Cossin S, Billiet L, Lalanne F, Lebrun L, Diallo G, Thiessard F. 2020. Détection automatique du mésusage médicamenteux sur les réseaux sociaux.   Revue d’Épidémiologie et de Santé Publique, 68:S53‑4, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0398762020301310
- Sebastien Cossin, Vianney Jouhet 2020. IAM at CLEF eHealth 2020: Concept Annotation in Spanish Electronic Health Records.   CEUR workshop proceedings, Vol-XXX, http://www.dei.unipd.it/~ferro/CLEF-WN-Drafts/CLEF2020/
- Griffier R, Jouhet V, Thiessard F, Cossin S. 2020. Identification des verrous et des leviers à la réutilisation secondaire des données dans un établissement de santé.   Revue d’Épidémiologie et de Santé, 68:S49‑50, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0398762020301206
- Gabriel Brat, Griffin Weber, Nils Gehlenborg, Paul Avillach, Nathan Palmer, Luca Chiovato, James Cimino, Brett Beaulieu-Jones, Sehi l'Yi, Mark Keller, Douglas Bell, Robert Follett, Lav Patel, Anne Jannot, Lemuel Waitman, Gilbert Omenn, Alberto Malovini, Jason Moore, Valentina Tibollo, Shawn Murphy, Riccardo Bellazzi, David Hanauer, Arnaud Serret-Larmande, Alba Gutierrez-Sacristan, John Holmes, Douglas Bell, Kenneth Mandl, Jeffrey Klann, Douglas Murad, Luigia Scudeller, Mauro Bucalo, Katie Kirchoff, Jean Craig, Jihad Obeid, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Sébastien Cossin, Bertrand Moal, Antonio Bellasi, Hans Prokosch, Detlef Kraska, Piotr Sliz, Amelia Tan, Kee Yuan Ngiam, Alberto Zambelli, Danielle Mowery, Emily Schiver, Batsal Devkota, Robert Bradford, Mohamad Daniar, Christel Daniel, Vincent Benoit, Romain Bey, Nicolas Paris, Patricia Serre, Nina Orlova, Julien Dubiel, Martin Hilka, Stephane Breant, Judith Leblanc, Nicolas Griffon, Anita Burgun, Melodie Bernaux, Arnaud Sandrin, Elisa Salamanca, Sylvie Cormont, Thomas Ganslandt, Tobias Gradinger, Julien Champ, Martin Boeker, Patricia Martel, Loïc Estève, Alexandre Gramfort, Olivier Grisel, Damien Leprovost, Thomas Moreau, Gael Varoquaux, Jill-Jênn Vie, Demian Wassermann, Arthur Mensch, Charlotte Caucheteux, Christian Haverkamp, Guillaume Lemaître, Silvano Bosari, Andrew South, Tianxi Cai, Isaac Kohane 2020. International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium   npj Digital Medicine, 3, pp.#109, https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02918344/document
- Renault P-O, Edouard L, Cossin S. 2020. Perception des freins et des leviers à l’utilisation du Dossier médical partagé par les médecins généralistes des Pyrénées-Atlantiques.   Revue d’Épidémiologie et de Santé Publique., 2020;68:S51, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0398762020301243
- Sébastien Cossin, Rodolphe Thiébaut 2020. Public Health and Epidemiology Informatics: Recent Research Trends Moving toward Public Health Data Science   IMIA Yearbook of Medical Informatics, 29, pp.231-234, https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03116855/document
- Sebastien Cossin, Rodolphe Thiebault 2020. Recent Research Trends Moving toward Public Health Data Science   Yearb Med Inform, 29(1):231‑4, https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32823321/
- Cossin S, Godart A, Lambert M, Lebrun L, Jouhet V. 2020. SmartEHR : un moteur de recherche dans un dossier patient informatisé.   Revue d’Épidémiologie et de Santé Publique, 68:S52, https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0398762020301279
- Thiébaut R, Cossin S 2019. Artificial Intelligence for Surveillance in Public Health   Public Health. Yearb Med Inform., Section on Public Health and Epidemiology Informatics. 28(1):232‑4. , https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31419837
- Sébastien Cossin, Maryse Puntous, Sophie Pujol, Luc Lebrun, Thomas Ferté, Vanessa Augis, Isabelle Roger, Vianney Jouhet 2019. Détection automatique des dèmes aigus pulmonaires de surcharge post-transfusionnels dans les dossiers patients informatisés Automatic detection of transfusion-associated circulatory overload (TACO) in electronic health records   , , https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02288139/document
- Marine Quéroué, Agnès Lashéras-Bauduin, Vianney Jouhet, Frantz Thiessard, Jean-Marc Vital, Anne-Marie Rogues, Sébastien Cossin 2019. Détection automatique des infections du site opératoire à partir d'un entrepôt de données Automatic detection of surgical site infections from a clinical data warehouse   , , https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02288144/document
- Sébastien Cossin, Luc Lebrun, Grégory Lobre, Romain Loustau, Vianney Jouhet, Romain Griffier, Fleur Mougin, Gayo Diallo, Frantz Thiessard 2019. Romedi: An Open Data Source About French Drugs on the Semantic Web   Studies in Health Technology and Informatics, 264, pp.79-82,
- Cossin S, Lebrun L, Lobre G, Loustau R, Jouhet V, Griffier R, et al. 2019. Romedi: An Open Data Source About French Drugs on the Semantic Web. Stud Health Technol Inform. 21 août 2019;.   Studies in Health Technology and Informatics, 264:79‑82, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31437889
- Sébastien Cossin, Luc Lebrun, Niamkey Aymeric, Fleur Mougin, Mathieu Lambert, Gayo Diallo, Frantz Thiessard, Vianney Jouhet 2019. SmartCRF: A Prototype to Visualize, Search and Annotate an Electronic Health Record from an i2b2 Clinical Data Warehouse   Studies in Health Technology and Informatics, 264, pp.1445-1446,
- Cossin S, Lebrun L, Aymeric N, Mougin F, Lambert M, Diallo G, et al. 2019. SmartCRF: A Prototype to Visualize, Search and Annotate an Electronic Health Record from an i2b2 Clinical Data Warehouse.   Studies in Health Technology and Informatics, 264:1445‑6, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31437889
- Clément Bader, Sébastien Cossin, Aline Maillard, Antoine Bénard 2018. A new approach for sample size calculation in cost-effectiveness studies based on value of information   BMC Medical Research Methodology, 18, pp.113, https://www.hal.inserm.fr/inserm-02309902/document
- Cossin S, Jouhet V, Mougin F, Diallo G, Thiessard F 2018. IAM at CLEF eHealth 2018: Concept Annotation and Coding in French Death Certificates.   CEUR-WS, Vol 2125 - paper 94, http://arxiv.org/abs/1807.03674
- Kévin Réby, Sébastien Cossin, Georgeta Bordea, Gayo Diallo 2018. SITIS-ISPED in CLEF eHealth 2018 Task 1 : ICD10 coding using Deep Learning   CEUR-WS, Vol 2125 - paper 144, http://ceur-ws.org/Vol-2125/
- Sébastien Cossin 2016. Interactions médicamenteuses : données liées et applications   , pp.80, https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-01442668/document
- Frantz Thiessard, Fleur Mougin, Gayo Diallo, Vianney Jouhet, Sébastien Cossin, Nicolas Garcelon, Boris Campillo, Wassim Jouini, Julien Grosjean, Philippe Massari, Nicolas Griffon, Marie Dupuch, Fayssal Tayalati, Edwige Dugas, Antonio Balvet, Natalia Grabar, Suzanne Pereira, Bruno Frandji, Stefan Darmoni, Marc Cuggia 2012. RAVEL: retrieval and visualization in ELectronic health records   Studies in Health Technology and Informatics, 180, pp.194-8,

Informations complémentaires :
Aucun
Dernière mise à jour le 14 octobre 2022