Maxime LECOMTE - Admis au titre de docteur

Doctorat Informatique

Thèse soutenue le 29 avril 2024 - Université de Bordeaux

Ecole doctorale : Mathématiques et Informatique

Sujet : Approche hybride de modélisation explicable du métabolisme des écosystèmes microbiens

Mots-clés de la thèse : représentation des connaissances et raisonnement,modélisation numérique,réseaux métaboliques,communautés microbiennes,modélisation du métabolisme,

Direction de thèse : David SHERMAN

Co-direction de thèse : Hélène FALENTIN

Unité de recherche : LaBRI - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique UMR 5800 - Talence
Intitulé de l'équipe : Systèmes et Données

Master - Biologie Computationnelle

obtenu en septembre 2020 - Université de Bordeaux
Option : Bio-informatique

Production scientifique

- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin 2022. Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese. , , https://hal.inrae.fr/hal-03781287/document
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin 2022. Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication dun fromage modèle à pâte pressée. , , https://hal.inrae.fr/hal-03694338/document
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2021. Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community , ,
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2021. Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community , ,
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2021. Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community , ,
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2021. Metabolic modelling deciphers interactions in a cheese bacterial community , ,
- Maxime Lecomte, David Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2021. Modelling metabolic network dynamics in a cheese bacterial community , , https://hal.inria.fr/hal-03533804/document
- Maxime Lecomte 2020. Metabolic modeling for the optimization of cheese's organoleptic qualities , pp.50p., https://hal.inrae.fr/hal-02957560/document
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie J. Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2023. A digital twin of bacterial metabolism during cheese production , , https://hal.inrae.fr/hal-04088301/document
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux 2022. Characterising competition and cooperation potentials in microbial communities using discrete models of metabolism. An exploratory analysis , , https://hal.inrae.fr/hal-03839337/document
- Maxime Lecomte, Simon Labarthe, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux 2022. Characterizing microbial interactions in controlled and natural microbial communities , , https://hal.inrae.fr/hal-03857848/document
- Maxime Lecomte, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux 2022. Reasoning approaches for the characterization of cooperation and competition in large-scale microbial communities , , https://hal.inrae.fr/hal-03857781/document
- Klara Cerk, Pablo Ugalde-Salas, Chabname Ghassemi Nedjad, Maxime Lecomte, Coralie Muller, David James Sherman, Falk Hildebrand, Simon Labarthe, Clémence Frioux 2024. Community-scale models of microbiomes: articulating metabolic modelling and metagenome sequencing Microbial Biotechnology, , https://inria.hal.science/hal-04409251/document
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe 2024. Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling Metabolic Engineering, 83, pp.24 - 38, https://hal.inrae.fr/hal-04509395/document

Langues Vivantes : Anglais C1 - Avancé - Français C2 - Maternel

Dernière mise à jour le 11 avril 2024