Contact : DUBOST AIDA
aida.dubost@umontpellier.fr
Tél: 04.67.14.36.00
Catégorie : Formations scientifiques
Langue de l'intervention : français
Période : annuelle
Nombre d'heures : 35
Min participants : 10
Max participants : 20
Nbre d'inscrits : 2
Nombre de places disponibles : 18
Public prioritaire : Aucun
Public concerné :
Doctorant(e)s
Proposé par : GAIA - Biodiversité, Agriculture, Alimentation, Environnement, Terre, Eau
| Lieu : Montpellier SUPAGRO, place viala ( lieu à préciser)
Mots clés : programmation, alignement de séquences, phylogénie, bioinformatique, séquençage de nouvelle génération (NGS), Cluster de calculs, Blast
Début de la formation : 18 février 2019
Fin de la formation : 22 février 2019
Date fermeture des inscriptions : 28 janvier 2019
Modalités d'inscription : Contact Formation continue
Florence Marchal : florence.marchal@supagro.fr
Information tarification :
- Moins 50 % pour les doctorants financés par le CIRAD ou l'INRA Montpellier
- Moins 20 % pour les doctorants financés par les autres établissements d'Agreeenium
- Gratuité pour les doctorants financés par Montpellier SupAgro
Participation financière Doctorant : OUI
Montant demandé au doctorant : 2050 &euro
Objectifs :
- Connaître les commandes de base du système Linux et savoir les utiliser pour traiter des données génomiques.
- A la fin du module vous serez capable d’écrire des scripts simples en « bash » (le langage de base de Linux).
- Ceci constitue également une introduction à l’écriture de scripts en Perl ou Python.
Programme :
- Manipulation de nombreux fichiers fasta et fastq (les renommer, en déplacer un
sous-ensemble, les trier, compter le nombre de séquences qu’ils contiennent, etc.)
- Collecte des résultats contenus dans plusieurs fichiers pour obtenir un fichier de synthèse analysable facilement à l’aide de tableurs (e.g. Excel) ou de R.
- Enchainement des étapes nécessaires à une analyse phylogénétique s’appuyant
sur plusieurs gènes.
- Enchainement des étapes nécessaires à l’identification de polymorphisme à
partir de données NGS.
Pré-requis :
- Connaissances de bases en génomique.
- Les exemples seront traités essentiellement du point de vue de l’automatisation des tâches (l’intérêt et les fondements de ces analyses ne seront que brièvement évoquées).
- Aucune compétence en informatique n’est pré-requise, mais un goût pour l’outil informatique et pour la logique sont essentiels.
Equipe pédagogique :
Vincent Ranwez, professeur, Montpellier SupAgro
Muriel Tavaud, maître de conférences, Montpellier SupAgro
Alexandre Dehne Garcia, ingénieur INRA
Responsable pédagogique : vincent.ranwez@supagro.fr
Méthode pédagogique :
Cours introductif :
- Mises en pratique en salle informatique sur des cas concrets.
- Accès temporaire à un cluster de calcul.
- L’accent est mis sur la mise en pratique autonome sur des cas concrets, afin qu’à la fin de la formation les stagiaires soient autonomes et disposent d’une série de scripts utiles qu’ils ont développés eux-mêmes et qu’ils pourront réutiliser en les adaptant à leurs besoins.
Pièces a fournir :
https://gaia.umontpellier.fr/documents/2019_FP_LINUX_VF.pdf
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