Collège Doctoral de l'Université de Grenoble

Objectifs :
Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelle que soit leur source d'acquisition : photographie numérique, photogrammétrie, numérisation surfacique, microscopie électronique à balayage et à transmission, ciné-radiographie, tomographie RX, spectrométrie NanoSIMS et rayonnement synchrotron.

Le module propose de présenter un échantillon des principales méthodes et applications d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de recherche des muséums. Toute la chaîne de traitement des images sera présentée, depuis la préparation de l’acquisition jusqu’à la rédaction des résultats.

Quatre demi-journées de TP permettront aux étudiants de prendre en main différents logiciels pour le traitement d'images 2D et 3D et la technique de photogrammétrie. Une visite de plateaux techniques du Muséum est également prévue pour présenter les équipements accessibles sur site ainsi que le synchrotron Soleil à Saint-Aubin.

Programme :
Lundi 7 juin :

09h00 - 10h : Patricia WILS
Présentation du module
Salle informatique, Phanérogamie

14h00 - 17h00 : Arnaud DELAPRE
Optique de la lumière et des couleurs
Photogrammétrie : principe et travaux pratiques d'acquisition des données photographiques, traitement des données, réalisation de modèles surfaciques
Salle ASIM, Bâtiment 140

Mardi 8 juin :

09h30 - 10h30 : Delphine BRABANT
La numérisation surfacique : principe et démonstration
Salle Surfaçus, Bâtiment 140

10h30 - 12h00 : Géraldine TOUTIRAIS
Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique à balayage
PTME, Bâtiment 49

14h00 - 17h00 : Bérénice PIQUET
Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique en tranmission
PTME, Bâtiment 39


Mercredi 9 juin :

09h30 - 10h30 : Jérôme ALEON
Laure BONNAUD-PONTICELLI (MNHN)
Imagerie isotopique par NanoSIMS: de la formation du système solaire à la fabrication des squelettes carbonatés
Salle Baleine 3, Jardin des Plantes

10h30 - 11h30 : François FARGES
Ces pierres qui ont marqué l’histoire de France : scanners, reconstitutions et restitutions
Salle Baleine 3, Jardin des Plantes

14h00 - 15h30 : Marta BELLATO
La tomographie par rayons X : principe et démonstration
Plateau AST-RX, Bâtiment 140

15h30 - 16h30 : Marc HERBIN
Vidéoradiographie : applications à l’anatomie fonctionnelle
Plateau Analyse du mouvement, Bâtiment 56


Jeudi 10 juin :

09h30 - 12h30 : Patricia WILS
TP « 3D » première partie : Visualisation et analyse d'images numériques 3D avec ImageJ - Manipulation de données surfaciques avec Meshlab
Salle Informatique, Préfabriqué

14h00 - 15h00 : Damien GERMAIN
La complémentarité 2D/3D en paléohistologie
Salle Baleine 3, Jardin des Plantes

15h00 - 16h00 : Guillaume BILLET
Données virtuelles 3d et applications morpho-anatomiques en zoologie et paléontologie
Salle Baleine 1, Jardin des Plantes

16h00 - 17h00 : Hugo DUTEL
Modélisation biomécanique du système musculo-squelettique
Salle Baleine 1, Jardin des Plantes

Vendredi 11 juin

09h00 - 12h00 : Florent GOUSSARD – Nathalie POULET
TP « 3D » seconde partie : Segmentation d'images 3D avec Mimics - Fichiers pdf3D
Atelier imagerie 3D, Bâtiment 38

15h00 - 17h00 :
Visite de la plateforme IPANEMA et du Synchrotron SOLEIL
IPANEMA Synchroton SOLEIL, Saint-Aubin

Equipe pédagogique :
Responsable pédagogique de la formation :
Patricia WILS
patricia.wils@mnhn.fr
01 40 79 34 03


Equipe pédagogique

Jérôme ALEON

Marta BELLATO

Guillaume BILLET

Delphine BRABANT

Arnaud DELAPRE

Hugo DUTEL

François FARGES

Damien GERMAIN

Florent GOUSSARD

Marc HERBIN

Bérénice PIQUET

Nathalie POULET

Géraldine TOUTIRAIS

Méthode pédagogique :
Cours + TPs + visites