Objectifs :
Apprendre à manipuler, analyser et valoriser des images scientifiques quelle que soit leur source d'acquisition : photographie numérique, photogrammétrie, numérisation surfacique, microscopie électronique à balayage et à transmission, microscopie photonique, tomographie RX, vidéo-radiographie, imagerie élémentaire, imagerie isotopique et rayonnement synchrotron.


Le module propose de présenter un échantillon de méthodes et applications d'imagerie utilisées dans le monde des sciences naturelles et dans un large spectre de domaines de recherche. Des demi-journées de travaux pratiques permettront aux étudiant.e.s de prendre en main différents logiciels pour le traitement d'images 2D et 3D. Des visites de plateaux techniques du Muséum sont également proposées pour présenter les équipements accessibles sur le site du Jardin des Plantes et échanger avec les personnels techniques en charge des instruments ainsi que le synchrotron Soleil à Saint-Aubin.

Programme :
Lundi 27 mai
09h30 - 10h : Patricia WILS
Présentation du module
10h - 12h30 : Patricia WILS
TP « 2D » : Bases du traitement d’images numériques. Visualisation et analyse d'images : introduction avec ImageJ
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14h00 – 16h00 : Arnaud DELAPRE
Photogrammétrie : principe et travaux pratiques d'acquisition des données photographiques, traitement des données, réalisation de modèles surfaciques
16h00 - 16h45 : Delphine BRABANT
La numérisation surfacique : principe et démonstration

Mardi 28 mai
09h30 – 12h30 : Patricia WILS
TP « 3D » : Visualisation et segmentation d’images 3D avec 3Dslicer
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14h00 - 15h00 : Géraldine TOUTIRAIS
Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique à balayage
15h00 - 16h30 : Bérénice PIQUET
Visualisation et analyse des échantillons avec la microscopie électronique en transmission

Mercredi 29 mai
09h30 - 10h30 : Morgane SOWINSKI
Tomographie à rayons X en lumière Synchrotron appliquée à l’étude de l’appareil auditif chez les anoures
10h30 - 11h30 : Guillaume BILLET
Données virtuelles 3d et applications morpho-anatomiques en zoologie et paléontologie
11h30 - 12h30 : François CLARAC
Biomécanique évolutive : Méthodes d'analyses appliquées aux espèces fossiles et actuelles
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14h00 - 15h00 : Oulfa BELHADJ et Marie RADEPONT
Imagerie élémentaire, principe et applications aux matériaux du patrimoine
15h00 - 16h00 : Marta BELLATO
La tomographie par rayons X : principe et démonstration
16h15 – 17h00 : Marc HERBIN
Vidéo-radiographie : applications à l’anatomie fonctionnelle

Jeudi 30 mai
09h30 - 10h30 : Jérôme ALEON
Imagerie isotopique par NanoSIMS : de la formation du système solaire à la fabrication des squelettes carbonatés
10h30 - 11h30 : Xavier MARQUES et Cyril WILLIG
Imagerie par microscopie photonique
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15h00 - 17h00 :
Visite de la plateforme IPANEMA et du Synchrotron SOLEIL

Pré-requis :
Aucun

Equipe pédagogique :
Responsable pédagogique de la formation Patricia WILS
 patricia.wils@mnhn.fr
 01 40 79 34 03 Équipe pédagogique Jérôme ALEON | Oulfa BELHADJ | Marta BELLATO | Guillaume BILLET | Delphine BRABANT | François CLARAC | Serge COHEN | Arnaud DELAPRE | Marc HERBIN | Xavier MARQUES | Bérénice PIQUET | Marie RADEPONT | Sebastian SCHOEDER | Morgane SOWINSKI | Mathieu THOURY | Géraldine TOUTIRAIS | Patricia WILS | Cyril WILLIG

Méthode pédagogique :
Cours + TP + visites

Compétences acquises à l'issue de la formation :
Bases de la visualisation et manipulation d’images numériques, Initiation aux méthodes d’acquisition et d’analyse d’images numériques pour les sciences naturelles

Les Compétences et capacités visées à l'issue de la formation (fiches RNCP)

Arrêté du 22 février 2019 définissant les compétences des diplômés du doctorat et inscrivant le doctorat au répertoire national de la certification professionnelle. https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000038200990/

Bloc 1 : Conception et élaboration d’une démarche de recherche et développement, d’études et prospective

- Identifier et résoudre des problèmes complexes et nouveaux impliquant une pluralité de domaines, en mobilisant les connaissances et les savoir-faire les plus avancés

Bloc 2 : Mise en œuvre d’une démarche de recherche et développement, d’études et prospective

- Mettre en œuvre les méthodes et les outils de la recherche en lien avec l’innovation

- Garantir la validité des travaux ainsi que leur déontologie et leur confidentialité en mettant en œuvre les dispositifs de contrôle adaptés

- Gérer les contraintes temporelles des activités d’études, d’innovation ou de R&D

Bloc 4 : Veille scientifique et technologique à l’échelle internationale

- Disposer d’une compréhension, d’un recul et d’un regard critique sur l’ensemble des informations de pointe disponibles

La formation participe à l'objectif suivant :conforter la culture scientifique des doctorants dans leur champ disciplinaire ou en interdisciplinaire