Contact : PARIS Alain
alain.paris@mnhn.fr
Tél: 01 40 79 54 12
Catégorie : Outils et méthodes pour la thèse
Langue de l'intervention : français
Nombre d'heures : 30
Min participants : 5
Max participants : 20
Nbre d'inscrits : 2
Nombre de places disponibles : 18
Public prioritaire : 1ère année et futurs doctorants
Public concerné :
Tout doctorant de Sciences de la nature et de l'Homme : évolution et écologie
Proposé par : Sciences de la nature et de l'Homme : évolution et écologie
| Lieu : Salle Claude Hélène - Jardin des Plantes - Muséum national d'Histoire naturelle
Observations : Prendre contact avec Alain Paris par mail (alain.paris@mnhn.fr) pour une installation préalable des bibliothèques fonctionnant sous R.
Début de la formation : 13 mai 2025
Fin de la formation : 16 mai 2025
Date ouverture des inscriptions :
Date fermeture des inscriptions : 30 avril 2025
Modalités d'inscription : Contactez en parallèle le responsable pédagogique de la formation :
Alain Paris, Pr MNHN
alain.paris@mnhn.fr
Objectifs :
Ce module présente deux applications de R pour l’analyse de données spectroscopiques
utilisées en métabolomique : XCMS pour l’analyse de profils chimiques obtenus par
spectrométrie de masse basse et haute résolution et NMRProcFlow, Asics ou Batman pour
l’analyse de profils chimiques obtenus par spectroscopie de résonance magnétique
nucléaire. L'utilisation d'outils statistiques multivariés sur poste ou on-line sera réalisée en
appui pour illustrer la détection de biomarqueurs métaboliques.
Programme :
Mardi 13 mai :
9h00 - 12h30 : Analyse de profils chimiques sous R : analyse de données de chromatographie
liquide / spectrométrie de masse (LCMS) et applications en métabolomique. [Séverine ZIRAH
et Alain PARIS, MNHN]
14h00 - 18h00 : Introduction à la bibliothèque XCMS. Prétraitement des données avec XCMS
Online. [Alain PARIS et Séverine ZIRAH, MNHN].
Mercredi 14 mai :
09h00 - 12h30 : Analyses multivariées non supervisées et supervisées sous R : ACP, les
méthodes PLS, analyses par classification hiérarchique, analyses de positionnement
multidimensionnel (MDS), analyses discriminantes (AFD, PLS-DA, sPLS-DA, SDA). Analyses
multivariées des données LC-MS avec mixOmics. [Alain PARIS et Séverine ZIRAH, MNHN].
14h00 - 18h00 : Analyse complémentaire des données LC-MS avec CAMERA. [Alain PARIS et
Séverine ZIRAH, MNHN].
Jeudi 15 mai :
09h00 - 10h00 : Analyse de profils chimiques sous R : analyse de données de RMN du proton
et applications en métabolomique. Discrétisation des profils RMN et sélection des variables
informatives. [Alain PARIS, MNHN].
10h15 - 12h30 : Utilisation de NMRProcFlow et de Rnmr1D [Daniel JACOB, INRAe Bordeaux].
14h00 - 18h00 : NMRProcFlow, Rnmr1D, Batman ou ASICS et analyses multivariées des
données RMN sous R. [Alain PARIS, MNHN, et Daniel JACOB, INRAe Bordeaux].
Vendredi 16 mai :
09h00 - 12h30 : Workflow4Metabolomics, présentation de la chaîne de traitements et
consultation des bases de données réalisée sur Galaxy. [Alain PARIS, MNHN].
14h00 - 18h00 : Analyses croisées des données RMN et LC-MS (PLS2, analyses de
corrélations canoniques, analyses semi-supervisées) et représentation en réseau des
variables informatives. Utilisation de R.ComDim.
[Alain PARIS, MNHN]
Pré-requis :
Connaissance minimale de R
Equipe pédagogique :
Responsable pédagogique de la formation :
Alain Paris, Pr MNHN
alain.paris@mnhn.fr
01 40 79 54 12
Equipe pédagogique :
Séverine Zirah, MC MNHN
Daniel Jacob, Ingénieur Recherche, INRAe Bordeaux
Méthode pédagogique :
Cours + TD informatique
Compétences acquises à l'issue de la formation :
Utilisation des scripts sous R pour le traitement des données métabolomiques produites
par RMN ou par spectrométrie de masse (préprocessing et analyses statistiques multivariées
les plus courantes)
La formation participe à l'objectif suivant :être directement utile pour la réalisation des travaux personnels de recherche
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