Objectifs :
Offrir aux doctorant.e.s une formation permettant de découvrir les possibilités offertes par le logiciel ImageJ pour l’analyse d’images de microscopie. Acquérir les bases du traitement et de l'analyse des images numériques en biologie. Introduction au principe des macros et des usages FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)

Programme :
20h : une demie-journée en distanciel et deux jours et demi en présentiel.

26 novembre : 9h-12h (via Teams) : Installation ImageJ, rappels sur les images numériques
13h-17h : Rappels théoriques d'analyse d'images, modification des propriétés de l'image

27 novembre : 9h-12h : Travaux pratiques 1 : Traitement des images sous ImageJ
13h30-17h30 : Travaux pratiques 2 : Analyse d'images sous ImageJ

28 novembre : 9h-12h : Automatisation du traitement des images par macros
13h30-16h30 : Travaux pratiques sur les images des participants.

Pré-requis :
Avoir un projet scientifique utilisant des images de microscopie à venir ou en cours

Equipe pédagogique :
Cédric PEIRS, Hervé ALEGOT, Pierre POUCHIN

Méthode pédagogique :
Formation théorique et ateliers pratiques

Compétences acquises à l'issue de la formation :
Acquérir les bonnes pratiques liées au traitement et à l’analyse d’images. Comprendre et savoir utiliser les fonctions principales de traitement et de l’analyse d’image sous ImageJ. Comprendre et savoir utiliser les fonctions d’ImageJ permettant une analyse d’images multiples automatisée.

Les Compétences et capacités visées à l'issue de la formation (fiches RNCP)

Arrêté du 22 février 2019 définissant les compétences des diplômés du doctorat et inscrivant le doctorat au répertoire national de la certification professionnelle. https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000038200990/

Bloc 4 : Veille scientifique et technologique à l’échelle internationale

- Acquérir, synthétiser et analyser les données et informations scientifiques et technologiques d’avant-garde à l’échelle internationale

- Disposer de la curiosité, de l’adaptabilité et de l’ouverture nécessaire pour se former et entretenir une culture générale de haut niveau

La formation participe à l'objectif suivant :être directement utile pour la réalisation des travaux personnels de recherche