Objectifs :
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L’objectif de ce module est d’offrir aux doctorant.e.s une formation dans les différents domaines de l'imagerie moléculaire, cellulaire et tissulaire. La théorie et les principes en microscopies photoniques et microscopie électronique sont présentés. Pour chacune de ces microscopies, les particularités, contraintes et avantages ainsi que leur complémentarité sont détaillés. Au cours des ateliers, la réalisation d’expériences permet de réaliser des applications concrètes de ces méthodes en biologie ainsi que l’analyse des données associées. Cette formation est aussi l’occasion d’identifier les méthodes d’imagerie adaptées afin de répondre à une problématique scientifique. Elle permet également de familiariser les étudiant.e.s avec les concepts de base du traitement et de l’analyse d’image. Cette formation bénéficie de l’accès à des systèmes de microscopie, situés sur les plateformes CLIC et CICS à Clermont-Ferrand.

The aim of this course is to provide PhD students with training in the various fields of molecular, cellular and tissue imaging. The theory and principles of photonic microscopy and electron microscopy are presented. For each of these microscopies, the particularities, constraints and advantages as well as their complementarity are detailed. During the workshops, imaging experiments are carried out to show concrete applications of these methods in biology and the analysis of the associated data. This training is also an opportunity to identify the appropriate imaging methods to answer a scientific problem. It also allows students to become familiar with the basic concepts of image processing and analysis. This course benefits from access to microscopy systems, located on the CLIC and CICS platforms in Clermont-Ferrand.

Programme :
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Présentation des différentes techniques de microscopie (3 h) : Définition et propriétés de l’image numérique - Les différentes parties d’un microscope - Les différentes modalités de la microscopie : photonique, super résolutive, électronique et imagerie chimique.

Caractérisation des structures cellulaires (3 h) : Préparation des échantillons pour l’observation in situ : de la fixation à l’obtention des coupes - Les types de colorations.

Illustration de techniques autour d’ateliers aux choix (ouverture en fonction du nombre d’inscrit.e.s, 1 journée):
- Identification et localisation des acides nucléiques : Technique d’hybridation in situ (FISH) et observation en microscopie confocale.
- Imagerie chimique : Techniques d’imagerie InfraRouge (FT-IR), spectrométrie de masse MALDI-TOF
- Imagerie dynamique (in vivo) : Observation en conditions in vivo - Microscopie à feuillets de lumière (SPIM)
- Imagerie multiphotonique ex vivo : Observation de réseaux de neurones ex vivo- Microscopie 2-photons
- Préparation des échantillons et observation en microscopie électronique à transmission
- Spectroscopie de force acoustique (AFS) et microscopie de fluorescence de réflexion interne (TIRF)

Presentation of the different microscopy methods (3 h): Definition and properties of image - The different parts of a microscope - The different type of microscopy: photonic, super-resolution, electronic and chemical imaging.
Characterization of cellular structures (3 h): Preparation of samples for in situ observation: from fixation to obtaining sections - Types of staining.
Illustration of techniques around workshops to choose from (one day):
- Identification and localization of nucleic acids: In situ hybridization technique (FISH) and confocal microscopy.
- Chemical imaging: Infrared imaging techniques (FT-IR), MALDI-TOF mass spectrometry
- Dynamic imaging: Observation in in vivo conditions - Light sheet microscopy (SPIM)
- Multiphoton imaging ex vivo - Observation of neural networks ex vivo - 2-photon microscopy
- Preparation of samples and observation in transmission electron microscopy
- Acoustic force spectroscopy (AFS) and internal reflection fluorescence microscopy (TIRF)

Pré-requis :
Aucun

Equipe pédagogique :
Coordinatrices : Valérie Leguè, PU UCA (PIAF), Sophie Desset, IR Inserm, (iGReD / CLIC) Intervenants : Thierry Astruc (QuaPA, Inrae), Christelle Blavignac (CICS, UCA), Géraldine Farge (LPC, UCA), Cédric Peirs (Neurodol Inserm), PIerre Pouchin (CLIC, iGReD), Caroline Vachias (CLIC, iGReD, UCA), Siet Van Den Wildenberg (LPC, UCA)

Méthode pédagogique :
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-J1 après midi : Formation théorique (microscopie à fluorescence) + visite CLIC (site Dunant)
-J2 matin: Formation théorique (MET/MEB, préparation des échantillons) + visite CICS (site Dunant)
-J2 après-midi : analyse d’images (Dunant et Cézeaux)
-J3 : Ateliers en parallèle
-J4 matin : restitution des ateliers


-Day 1: lessons + Visit to CLIC platform
-Day 2: lessons + Visit to CICS platform
-Day 2: Discover of Fidji software
-Day 3: Practical workshops
-Day 4: Restitution of the workshops

Les Compétences et capacités visées à l'issue de la formation (fiches RNCP)

Arrêté du 22 février 2019 définissant les compétences des diplômés du doctorat et inscrivant le doctorat au répertoire national de la certification professionnelle. https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000038200990/

Bloc 4 : Veille scientifique et technologique à l’échelle internationale

- Acquérir, synthétiser et analyser les données et informations scientifiques et technologiques d’avant-garde à l’échelle internationale

La formation participe à l'objectif suivant :être directement utile pour la réalisation des travaux personnels de recherche