Objectifs :
- Savoir développer une application web pour rendre accessible des résultats de recherche ou des outils d’aide à la décision

Programme :
Cette formation s’inscrit dans le cadre des journées science ouverte d’AgroParisTech et de la Graduate School Biosphera, et du parcours de formation à la science ouverte d’AgroParisTech.

Que ce soit pour rendre accessibles des données de recherche ou pour publier un outil d'aide à la décision, il existe aujourd'hui des outils et services internet simples que nous vous proposons de découvrir au travers d'un cas concret, la mise en ligne du site https://ccexplorer.eu .

1h - présentations des possibilités de mise en ligne suivant la complexité du projet et le public visé
1h - atelier : application minimaliste fonctionnant en local
1h - atelier : mise en ligne de l'application minimaliste sur un serveur
Venir avec un ordinateur et si possible un projet
Outils explorés
- R shiny (applications web)
- Rmarkdown (documents web interactifs)
- plumber (API sous R)
- REDIS (base de donnée noSQL)
- git
- docker compose
- docker swarm
- nginx, traefik
- règles de sécurité (firewall, ssh, file2ban, ...)
Services présentés :
- hébergement institutionnel, Shiny ou hébergeur privé (OVH)
- noms de domaines et DNS (institutionnels ou OVH)

Les doctorants sont vivement encouragés à suivre en complément les autres modules proposés au cours de cette semaine, notamment « Introduction à la science ouverte » et/ou « Gestion et ouverture des données de la recherche en sciences du vivant et de l’environnement – partie 1 ».

Pré-requis :
A l'aise avec la programmation en R, pas de contre-indications à la ligne de commande, notamment sous linux. La connaissance de git est un plus.

Equipe pédagogique :
Corentin Barbu, chercheur INRAE, UMR Agronomie

Méthode pédagogique :
Mise en situation et exercice pratique.

Les Compétences et capacités visées à l'issue de la formation (fiches RNCP)

Arrêté du 22 février 2019 définissant les compétences des diplômés du doctorat et inscrivant le doctorat au répertoire national de la certification professionnelle. https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000038200990/

Bloc 3 : Valorisation et transfert des résultats d’une démarche R&D, d’études et prospective

- Mettre en œuvre l’ensemble des dispositifs de publication à l’échelle internationale permettant de valoriser les savoirs et connaissances nouvelles

- Mobiliser les techniques de communication de données en « open data » pour valoriser des démarches et résultats

La formation participe à l'objectif suivant :former à la science ouverte