Objectifs :
Vous avez suivi le module 5.1 Le système R niveau I, de deux jours sur les bases du Tidyverse et vous souhaitez aller plus loin avec le Tidyverse dans la manipulation de vos tableaux, la production de vos graphiques et de vos rapports Rmarkdown, alors ce module est pour vous !

Programme :
MATIN
Séquence 1 : Diverses fonctions utiles du tidyverse
- Compter des observations
- Changer des valeurs en fonction de conditions
- filtrer des valeurs d’une variable en fonction d’une autre variable
- séparer ou unir des colonnes
- détecter une chaine de caractère
- réorganiser les niveaux d'un facteur en fonction d'une autre variable pour un graphique (GOODIES)

Séquence 2 : introduction à la fonction map() pour itérer en remplacement d'une boucle et application à la description d'un tableau de données.
Cette séquence introduit la fonction map() qui applique la même fonction à chaque élément d'une liste, d'un vecteur ou d'un tableau de données (qui est au final une liste, les colonnes étant des vecteurs) et présente son application à l'itération de toutes les colonnes d'un tableau pour les décrire (le type de variable, le noms des niveaux des facteurs pour chaque variable, le nombre de niveaux de chaque facteur et le nombre de na)

APRES-MIDI
Séquence 3 : produire des graphiques à la chaine avec la fonction map()
Utilisation de la fonction map() pour produire des séries de graphiques identiques mais dont seulement la variable en ordonnée change.

Séquence 4 : Annoter des graphiques
- ajouter des annotations sur le graphique avec geom_text(), geom_label() et annotate()
- faire un graphique interactif
- ajouter des lettres d'anova sur un graphique (GOODIES)
- l'ajout automatique d'une droite de régression, de l'équation et du R2 sur le graphique (GOODIES)

SEQUENCE 5 : Améliorer ses rapports avec Rmarkdown
- positionner et redimensionner un figure, mettre des légendes aux figures et afficher un tableau de données.
- insérer un sommaire automatique, des références bibliographiques, et exporter automatiquement les figures dans un dossier.

Évaluations de la formation :
- autoévaluation individuelle de l’atteinte des objectifs (graphiques de réussite aux quiz et exercices)
- évaluation de satisfaction de la formation (questionnaire en ligne)

Pré-requis :
Apporter son ordinateur

Il faut avoir suivi le module de deux jours pour débutants 5.1 - Le système R niveau I
ou d’avoir des connaissances de base en tidyverse et Rmarkdown.
Remplir le tableau de conformité aux pré-requis en ligne envoyé par le formateur une semaine avant la formation.

Méthode pédagogique :
La formation utilise l’interface conviviale de RStudio, qui facilite l’utilisation de R et le format Rmarkdown, qui permet de générer automatiquement des rapports (html,word, pdf) à partir du code. La méthode pédagogique consiste en un enchaînement de séquences progressives constituées d’un apport théorique, suivi d’un quiz puis d’un exercice d’application dans un contexte différent (tableau de données différent).

Les instructions pour l’installation des logiciels et packages, les données qui servent de support pour la formation, le pdf à imprimer contenant le code de la formation (hors exercices) et servant à prendre des notes, ainsi que le document Rmarkdown servant de modèle pour taper le code lors de la formation sont envoyés à chaque participant-e quelques jours avant la formation. Les personnes en situation de handicap peuvent me contacter pour que nous puissions adapter la formation à leurs besoins.

Compétences acquises à l'issue de la formation :
A l’issue de ce module, les participant-e-s seront capable de :
- Faire des opérations courantes de manipulations de tableau telles que trier les valeurs, compter les observations, changer des valeurs d’une variable en fonction de conditions, filtrer des valeurs d’une variable en fonction d’une autre variable, séparer et unir des colonnes, détecter une chaîne de caractère et réorganiser les niveaux d'un facteur en fonction d'une autre variable sur un graphique
- Appliquer la fonction map() à un tableau de données pour décrire les variables et générer des graphiques en masse
- Ajouter des annotations sur le graphique et faire un graphique interactif
- Positionner et redimensionner un figure, mettre des légendes aux figures et afficher un tableau de données et insérer un sommaire automatique dans le rapport

Les Compétences et capacités visées à l'issue de la formation (fiches RNCP)

Arrêté du 22 février 2019 définissant les compétences des diplômés du doctorat et inscrivant le doctorat au répertoire national de la certification professionnelle. https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000038200990/

Bloc 1 : Conception et élaboration d’une démarche de recherche et développement, d’études et prospective

- Disposer d'une expertise scientifique tant générale que spécifique d'un domaine de recherche et de travail déterminé

- Identifier et résoudre des problèmes complexes et nouveaux impliquant une pluralité de domaines, en mobilisant les connaissances et les savoir-faire les plus avancés

Compétences sociales

- Adaptation ; Persévérance ; Résilience ; Gestion du changement et de l'échec ; Engagement

La formation participe à l'objectif suivant :être directement utile pour la réalisation des travaux personnels de recherche