Objectifs :
- Connaître le cadre juridique, réglementaire, politique global autour de la gestion et l’ouverture des données de la recherche
- Savoir se poser les bonnes questions au bon moment pour anticiper tous les points sensibles relatifs aux données de la recherche
- Savoir mettre en œuvre une stratégie de gestion et d’ouverture des données de ses recherches

Programme :
Cette formation s’inscrit dans le cadre des journées science ouverte d’AgroParisTech et de la Graduate School Biosphera, et du parcours de formation à la science ouverte d’AgroParisTech.

09 avril 2025 – 09h-13h : Séquence 1 : Définir une stratégie de gestion et d’ouverture des données de la recherche en sciences du vivant et de l’environnement (obligatoire)
Amphi A0.04
Gaëlle Jaouen, Eva Legras, Romuald Lorthioir, David Gasparotto
- Cadre général relatif aux données de la recherche : définition, statut juridique et réglementaire, enjeux liés à l’ouverture et à la confidentialité
- Questions, enjeux et pratiques à intégrer dans le déroulé d’un projet de recherche : plan de gestion de données, stratégie de stockage, ouverture et publication, etc.
Pédagogie : Interventions et échanges avec les participants.

La session théorique peut être complétée en participant l'après-midi aux sessions de retours d'expérience suivant le programme :
14h30-16h00 : Gestion et ouverture des données :
- 14h30-15h : Organiser la gestion des données d’une infrastructure - OLEF (Alexandra Niedzwiedz, BETA)
- 15h-15h30 : Organiser une méthode de stockage pour un projet avec le Mésocentre de l’Université Paris Saclay (Améline Vallet, Cired et Nicolas Legrand, Université Paris-Saclay)
- 15h30-16h00 : Organiser la réutilisation des données : Data paper et consultation des données à TETIS (Rémy Decoupes, TETIS)

Pause : 16h-16h30

16h30-17h30 : Valorisation de la recherche et des données :
- 16h30-16h45 : Développement d’application web en recherche - Corentin Barbu (UMR Agronomie)
- 16h45-17h : Data paper, méta analyse et data visualisation – Pierre-Emmanuel Robert (MOSAR)
- 17h-17h30 : Q/R - Echanges

La participation à ces sessions permettra de valider 4h de plus sur la formation.

11 avril 2025 matin – Séquence 2 : La gestion des données de la recherche en pratique (facultatif)
Les doctorants sont invités à s’inscrire à l’un des ateliers ci-dessous :

Atelier 1 : 09h30-13h : Rédiger le Plan de Gestion de Données d’un projet
C1.0.15
10 places
Gaëlle Jaouen et Eva Legras
A partir d’un exemple concret de projet de recherche, l’atelier aura pour objectif de rédiger collectivement un plan de gestion de données. Au cours de l’exercice, les différentes dimensions relatives à la gestion et l’ouverture des données dans toutes leurs dimensions (réglementaire, informatique, etc.) seront abordées. Le suivi de la partie théorique est obligatoire pour s’inscrire à cet atelier. Le lien d’inscription sera communiqué dans le mail de confirmation de l’inscription à la partie 1.

Atelier 2 : 10h à 12h : Rendre sa recherche reproductible avec Git et R
Inscription : https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3644278&site=abies
C1.0.20
Nombre de places : 10
Blanche Collard
Cet atelier permettra de découvrir l'intérêt du versionnage des scripts pour les utilisateurs de R et les bonnes pratiques associées pour améliorer la reproductibilité des analyses faites avec ce logiciel.

Atelier 3 : 10h-13h : Développer des applications web en recherche à destination de différents publics
Inscription : https://adum.fr/script/formations.pl?mod=3641783&site=abies
C1.0.21
10 places
Corentin Barbu
Que ce soit pour rendre accessibles des données de recherche ou pour publier un outil d'aide à la décision, il existe aujourd'hui des outils et services internet simples que nous vous proposons de découvrir au travers d'un cas concret, la mise en ligne du site https://ccexplorer.eu.

1h - présentations des possibilités de mise en ligne suivant la complexité du projet et le public visé
1h - atelier : application minimaliste fonctionnant en local
1h - atelier : mise en ligne de l'application minimaliste sur un serveur
Public visé : personnes à l'aise en programmation (notamment R) et souhaitant mettre sur internet des résultats de recherche tels que de la visualisation de données ou des outils d'aide à la décision.
A l'aise avec la programmation en R, pas de contre-indications à la ligne de commande, notamment sous linux. La connaissance de git est un plus.
Venir avec un ordinateur et si possible un projet

Equipe pédagogique :
Eva Legras, chargée de mission science ouverte et données de la recherche Gaëlle Jaouen, chargée de mission données de la recherche, David Gasparotto, Direction de la documentation et du patrimoine culturel Romuald Lorthioir, Directeur Services Numériques Corentin Barbu, chercheur INRAE, UMR Agronomie Blanche Collard, enseignante-chercheur AgroParisTech, UMR ESE

Méthode pédagogique :
Mise en situation et exercice pratique.

Compétences acquises à l'issue de la formation :
- Connaître le principe d'un plan de gestion de données et savoir l'appliquer à ses recherches
- Publier et diffuser efficacement ses données de recherche

Les Compétences et capacités visées à l'issue de la formation (fiches RNCP)

Arrêté du 22 février 2019 définissant les compétences des diplômés du doctorat et inscrivant le doctorat au répertoire national de la certification professionnelle. https://www.legifrance.gouv.fr/loda/id/JORFTEXT000038200990/

Bloc 3 : Valorisation et transfert des résultats d’une démarche R&D, d’études et prospective

- Mettre en œuvre l’ensemble des dispositifs de publication à l’échelle internationale permettant de valoriser les savoirs et connaissances nouvelles

- Mobiliser les techniques de communication de données en « open data » pour valoriser des démarches et résultats

La formation participe à l'objectif suivant :former à la science ouverte